硅酸根分析仪一般由取样及预处理、钼蓝比色测定和操作控制三部分组成。待测工业用水经使用和预处理后成为符合硅仪要求的样水。本部分属于采样和预处理部分；从显色、比色测量到样水的显示输出，这是比色测量部分；操作控制部分控制整个系统的开关和电磁阀的顺序动作。
       在酸性溶液中，水中的硅与钼酸盐反应生成钼酸盐黄，再与还原剂作用生成钼酸盐蓝，使溶液呈蓝色。蓝色的深浅还与试剂水中的硅含量有关，因此待测样水中的硅含量可以采用光电比色法或分光光度法测定。硅酸盐分析仪根据被测元素的不同，钼蓝法有硅钼蓝法和磷钼蓝法。硅钼蓝法用于测定水中的硅含量。磷钼蓝法用于测定水中磷的含量。硅钼蓝法的分析过程一般可分为三个阶段，即显色、掩蔽剂添加和还原。
1、在加有硫酸的酸性溶液中发生显色反应，使水中的硅变成可溶性原硅酸盐H4SiO4，然后在弱酸性溶液中与钼酸盐反应生成黄色的硅钼酸杂多酸，称为杂多酸钼酸硅黄，分子式为H4SiMo12O40。
2、使用掩蔽剂时，铁、磷、钼酸盐在水中发生显色反应，也可形成黄色络合物。当加入还原剂时，它们会与硅钼黄一起被还原成钼蓝，从而干扰硅的测定。为此，在硅钼黄还原前加入掩蔽剂（如酒石酸、草酸），使干扰离子与掩蔽剂形成无色稳定的络合物，防止干扰分析。
3、在硅酸根分析仪中还原剂的作用下，被还原的硅钼黄会被还原成蓝色的硅钼杂多酸，称为硅钼蓝，除H2SO4和硅在水中形成的可溶性原硅酸外，硅钼蓝法所用的钼酸盐包括钼酸铵和钼酸钠；酒石酸和草酸用作掩蔽剂；除H2SO4和硅在水中形成的可溶性正硅酸外，硅钼蓝法所用的钼酸盐有钼酸铵和钼酸钠；酒石酸和草酸作为掩蔽剂；除1-氨基-2-萘酚-4-磺酸作为还原剂外，还有有机还原剂叫罗多尔和青霉素。