水质在线监测系统的维护和质量控制的好坏直接决定了监测数据的准确性、精密度、代表性、完整性和可比性。
水质在线监测系统具有连续运行、维护周期长、工作环境恶劣等特点。
影响在线监测数据的因素很多，主要体现在水的采集和分配、仪器操作、试剂和标准溶液等方面。在实际工作中，有针对性地对在线监测系统的维护管理、室内外质量控制等进行了分析。可有效提高在线监测的准确性，使其数据具有代表性，实现系统长期有效稳定运行。
仪器的定期校准
校准周期根据仪器校准周期和被测水体水质确定。如果水质较差，应相应缩短仪器的校准周期。根据实际生产情况，在线监测仪器的每月校准基本可以满足要求，一般不能超过仪器说明书规定的时限。如果仪器长时间关机后重新启动，更换电极、泵管等，或更换不同批次的试剂等，必须进行仪器的校准实验。
仪器多点线性测试
均匀选取仪器线性范围内浓度的4～6种标准溶液进行测试，计算斜率和相关系数。如果发现标准曲线的斜率和相关系数有明显变化，应在保证试剂质量和非人为因素的前提下检查监测仪器的性能。仪器标准曲线的多点线性测试一般每六个月进行一次，可以保证仪器运行良好。
定期清理在线监控系统
水质在线监测系统本身一般都具有在线清洗的功能，但如果水质较差，水中含有大量的悬浮物。沉积物会出现在传感器、电极和蠕动泵管上，会引起传感器灵敏度的变化，或影响注入反应池的样品和测试溶液的体积，导致检测器测得的结果出现偏差和分析仪器。定期清洁和维护可以减少偏差并使错误得到有效控制范围内。清洗或更换管路、传感器、蠕动泵管等后，重新校准仪器，使系统始终处于良好状态，保证监测数据的可靠性，延长仪器的使用寿命可以同时延长。